緯度是天定的，赤道就在那里，它天然是零度緯線。
以南北極為九十度，自然能確定各地的緯度數據。
經度卻和它不一樣，以哪條經線為起始，是被人為確定的。
例如《坤輿萬國全圖》，它是以經過福島——大概是后世加那利群島耶羅島的經線，作為本初子午線。
這也是當前這個時代，比較通用的經度設定。據說是托勒密所定的幸運島，并無確切位置。
后來天文技術進步，西方各國開始建造天文臺，確定本初子午線。
這個做法導致交流的混亂，各國于西元1884年召開國際經度會議，確定以經過英國倫敦東南格林尼治天文臺的經線為本初子午線，確定世界時，劃分二十四時區和國際日期變更線。
朱由檢之前觀看《坤輿萬國全圖》，并且用它的經緯圈繪制更精確的地圖時，就對上面的經度感到非常不習慣。所以他根據會議繪制的地圖，是用等距離的網格繪制的。
在知道欽天監能夠比較準確地測量經緯度后，他當即決定采用新的本初子午線。
這條線需要有個基準，朱由檢道：
“永定門、正陽門、承天門、皇極殿、鐘鼓樓這條中軸線，和南北經線偏差多少度？”
“能不能在鐘鼓樓附近，修建一座新鐘樓，同時修建天文臺，確定本初子午線所在的中時區經線？”
北京中軸線和經線有偏差，這是很多人都知道的。
它不是因為修建北京城時測量錯誤，而是為了符合風水布局。
在天星風水術中，天象分為三垣二十八宿。三垣就是紫微垣、太微垣、天市垣三垣，其中最好的是紫薇垣。
紫微垣具有帝王之勢，根源就在于北極星。北極又叫北辰，是帝王之星。紫微垣就是以北極星為主，群星層層拱衛。
日月星辰流轉，而北極不動，它代表著帝王之位。
但是北極星不在嚴格意義上的正北方，它和地軸之間，有1.5度到2.5度的偏差。
所以北京城的中軸線，采取了偏2度的設計。
這是郭守敬的老師劉秉忠主持建造元大都時，所奠定的格局。同樣由他主持建造的元上都，就沒有偏離子午線。
如今朱由檢要把一條子午線確定為零度經線，當然不能選擇和經線有偏差的北京中軸線，而是要選擇正南正北的子午線。
最優先的地方，就是在鐘鼓樓附近建立一座新鐘樓，同時建造天文臺。
徐光啟等人在皇帝提出建造新鐘樓的想法后，就開始了選址。
此時聽到皇帝的意圖，徐光啟道：
“北京中軸線和子午線偏差兩度，如果在鐘鼓樓附近修建天文臺，需要在東側建。”
“就是不知要以哪個地方為基準，它的正南方對應哪座宮殿？”
朱由檢第一反應就是選皇極殿，但是想到三大殿多次被燒毀，未來也可能會重建。所以就決定道：
“本初子午線在午時區，那就對應午門中間。”
“在午門中間畫一根正南正北的線，向北延伸到天文臺。在天文臺建造一條南北直線標識，作為本初子午線。”
“新鐘樓四面鐘的中心，同樣要在本初子午線上，每日通報北京時間。”
（大明本初子午線，經過午門中間，大約是現代的東經116度23分50秒。在這條經線上鐘鼓樓的東側，建造新鐘樓和天文臺）
這樣本初子午線的位置，就有了具體的參照物。