當時的賽斯坦，已經研究出了強大的機甲，機甲軍團需要由指揮戰甲來領導，只是指揮戰甲的能力太過強大，暫時還沒有找到可以操控適合戰甲的人。
沒錯，操控指揮戰甲需要有一定的能力要求，但當時的賽斯坦人并不清楚，什么樣的人才能勝任這項任務。無數優秀的戰士都失敗受到能量反噬，被反噬的人通常活不久。
為了對抗萊恩將軍的克隆人軍團，星際議會的科學家無月決定重啟指揮戰甲。但選誰去操作戰甲成為了眼下最大的難題。
無月其實有三個合適的實驗對象，一位克隆人戰士，一位人工智能人類，另外還有一名是以前賽斯坦的年輕指揮官。
在賽斯坦覆滅之戰時，曾經突然爆發恒星風暴，當時對戰的三方軍團被卷入其中，當時大家都以為他們死定了，讓人沒想到的是，有三人卻奇跡般地活了下來，不僅僅活著，他們的身體還因為受到了大量致命伽馬射線的輻射，而產生了變異，蘊含巨大的能量。
這三個在恒星風暴中意外幸存的人，被匆匆送到了賽斯坦的軍事實驗中心，但當時處于戰爭階段，實驗中心的大量設備受到了破壞，科學家們沒辦法穩定三人體內的能量暴動，只能將他們暫時低溫冷凍起來。
兩百多年過去，人們幾乎已經忘了這三具被冷凍的軀體，直到后殖民時期，戰爭再一次爆發，無月決定再一次重啟指揮戰甲，這時人們才想起來那三個被冷凍的人。
他們被匆匆運回星際議會所在的星球，進行解凍喚醒。兩百年過去，技術進一步發展，想要穩定這三人體內巨大的能量并不是問題，因此他們被喚醒后，洗去記憶，成為了指揮戰甲的操控者，大家叫他們指揮官。
眼下唯一的問題是，指揮戰甲一共有四個，而指揮官只有三人，剩下的戰甲怎么辦？沒有指揮官操控指揮戰甲，那跟隨他的機甲軍團也無法操控。
在這種情況下，深受壓迫的殖民地反抗組織選出了自己最好的戰士，申請進入星際議會的軍事研究所，他們希望這些戰士中，有能夠操控指揮機甲的人。
三十名最優秀的戰士被送入軍事研究所，他們在這里接受了基因升級以及極其痛苦的身體改造，但依舊沒法操控指揮戰甲。最后，有一名戰士自愿接受致命劑量的伽馬射線輻射，他希望自己也能創造奇跡。
幸運的是，他活下來了，成為了第四位戰甲指揮官。
四位指揮官帶著自己的機甲軍團加入了戰爭，但萊恩將軍的克隆人軍團顯然不好對付，戰爭曠日持久，幾乎將整個本源星系破壞殆盡。
勝利的曙光最終還是到來了，星際議會和殖民地革命軍通過談判得到了智慧者聯盟的支持，AI大軍加入了戰爭，最終三方勢力合力將克隆人軍團剿滅，將獨裁者趕下臺，殖民時代結束，新的紀元開始。