第二階段總參謀部計劃以巴拿馬城為基礎建造永久性海陸軍基地，不僅要切斷新西班牙和秘魯總督區的陸上交通，還要在海上阻止其往來。
這也是暫且不在新西班牙總督區登陸的原因，這片區域人口眾多，但物產相對貧瘠，很多東西都需要靠海上運輸，完全自給自足很困難。
陛下建議以困代攻，先將秘魯總督區的銀礦從西班牙人手中奪過來，再慢慢經營巴拿馬城和克隆港，解決美洲大陸東西兩岸無法兼顧的窘境，讓新西班牙總督區成為死地，不戰而屈人之兵。
根據各戰區的任務特點，經過與各部的仔細探討，總參謀部向陛下推薦十名人選擔任正副指揮官一職。
好望角戰區總指揮為印度洋艦隊恩鳥港駐守艦隊指揮使燕不死，副總指揮為恩鳥港總督張永齡。統領印度洋艦隊恩鳥港駐守艦隊和第四、第五分艦隊，共計21艘戰艦、17艘武裝貨船，以及陸戰都司鼉龍、玉衡兩衛萬余兵力。
作戰目標很明確，切斷好望角航線，守住恩鳥港，挫敗任何針對恩鳥港的攻擊行為，如果有比較好的機會，可以在確保自身安全的前提下，主動出擊御敵于海外。
波斯灣戰區總指揮由印度洋艦隊都指揮使姐濟親領，陸戰都司天權衛指揮使高烈任副總指揮。
率第二、第三分艦隊共計15艘戰艦、12艘武裝貨船游弋波斯灣、紅海、阿拉伯海，監督沿岸勢力動向，隨時支援駐守在蘇伊士港和法奧港的陸戰都司巨蟹、天權兩衛。
西域戰區總指揮由陸軍參謀長丁順擔任，西域都司都指揮使黃太極領副總指揮。統領西域都司本屬30-34衛陸軍和中西部都司9-12衛陸軍，再調派兩個衛新兵混編，允許從本地招募5萬以內民夫協防。
以哈巴河城、塔城、德魯日巴、亦力把里、烏什、喀什噶爾、撒里庫爾為主要防御重心構建屏障，同時派遣騎兵部隊前往布哈拉和突厥斯坦，協助兩國軍隊進行陣地防御訓練，保護其都城安全。
鄂畢河戰區由于地理特殊性，總副指揮皆由原北方都司都指揮使袁大頭和都指揮參謀長孫大炮擔任，除本屬的2、3衛陸軍和第3騎兵衛外，再增派由西域都司改編的騎兵第6衛。
這個戰區的作戰任務比較特殊，不以正面交鋒為主，而是化整為零，將騎兵部隊分散到鄂畢河東岸的幾十座寨堡附近增加巡視范圍，爭取提前發現有可能的東進之敵。
在這一大片廣袤的土地上什么都不缺，唯獨沒有供給大軍所需的吃喝和馬匹。只要能把寨堡及時毀掉，聯軍想通過這里由北面進攻帝國本土會是一場大災難。
但本著謹慎小心的原則，鄂畢河戰區會將主力集結在烏里雅蘇臺、哈拉和林、大幹耳朵一線，協同中部都司共同防御北面之敵，同時也可以在比較短的時間里增援西邊的哈巴河城、塔城和德魯日巴。
珍珠港戰區總指揮由本人擔任，副總指揮有兩位，原印度洋艦隊千戶塞特爾、陸軍都督杜文煥。
塞特爾領東海艦隊、南洋艦隊和珍珠港駐守艦隊混編的遠征艦隊總計戰艦24艘，武裝貨船39艘，護送陸軍安全抵達登陸場，確保肅清附近海面上的威脅。
杜文煥領陸軍華中、華南都司第25、26、27衛和來自日本、朝鮮的2個工兵衛總計3萬人，分批經由日本前往珍珠港集結。
為了盡可能讓各戰區的后勤得到保障，陛下還做出了如下安排。在總參謀部統一部署的前提下由專人專項負責，監督各戰區的人員物資調配工作，每3日單獨向陛下呈送書面報告。
兵部尚書王家楨負責西域戰區、刑部尚書楊漣負責鄂畢河戰區、禮部尚書劉復禮負責波斯戰區、戶部尚書孫元化負責好望角戰區、大學士李如樟負責珍珠港戰區。
任何一個環節出現偏差，又沒有及時得到糾正，除了陸軍、海軍和總參謀部具體負責人需要擔責外，監督官員也要連坐。
此戰關乎帝國今后百年國運，望諸位精誠團結、同心同德、為大業獻身出力，乃千秋殊榮也！”</p>