這個說法再次提出，群臣默然以對。
但是讓黃立極這個閹黨余孽主持春秋校注，東林黨人是無法接受的。
大理院協理院事姚士慎道：
“黃資政主持編撰《三朝要典》，把義理史學扭曲成歪理史學，臣以為不能再用他修史書。”
“其所修《國朝紀事》《中國編年簡史》等史書，應盡皆移交他人。”
從義理史學被推翻的原因出發，否定黃立極的資格。
那些對黃立極原本就有余怨的，此時因為義理史學被推翻，對他更多了一重怨恨。
紛紛以此反對，認為黃立極的德行不配修史。
朱由檢讓黃立極主持修史，是為了讓他立功留名，是當時黃立極配合自己的賞賜之一。
他為了維持自己的信用，當然不會反悔。
不過群臣的意見也要重視，必須安撫他們。
正想著如何解決這個問題，朱由檢看到黃立極道：
“臣之前深陷義理史學，扭曲成歪理史學而不知。”
“如今幸得陛下和錢公指點，方知昔日之非。”
“愿隨錢公校注春秋，學習實證史學。”
“臣編撰的史書，必用實證證之。”
明確表示要追隨錢謙益，向他學實證史學。
群臣聽得此言，頓時刮目相看——
沒想到黃立極身為卸任首輔，竟然甘愿尾隨地位不如他的錢謙益。
這么柔軟的身段，實在讓人想不到。
同時讓一些仇視他的人，對他更加唾棄：
『呸！』
『真不要臉！』
『錢公可不會收留這樣的人。』
滿懷信心地等待錢謙益拒絕，他們卻聽錢謙益道：
“知錯能改，善莫大焉。”
“黃資政能認識到義理史學之非，知實證史學之是，錢某歡迎之至。”
“只是春秋校注，需由陛下決斷。”
明確接納了黃立極，還希望皇帝讓他們一起主持春秋注釋。
朱由檢對此極為高興，很是喜悅地道：
“卿等如此謙讓，不亞古之賢人。”
“春秋經的注釋，就由錢先生主持，黃學士等輔佐。”
“務必要校注出其經史兩面，既作為經學典籍，又作為史學典范。”
任命錢謙益、黃立極二人，主持春秋注釋。
如此結果，顯然大出群臣意料，東林黨人更是不敢置信：
他們從未想過，錢謙益身為東林領袖，竟然會接納閹黨余孽。
就算是為了推廣實證史學，也不該如此作為。
東林黨的撕裂，變得更加嚴重，從學術延伸到政治層面。
錢謙益的實學派在學術界冉冉升起，以他為核心的朝堂勢力，也開始獨立于東林之外。</p>