朱由檢的命令下到理藩院，引來了理藩院官員的第一次反對。
雖說理藩院建立時朱由檢就明確規定可以用中旨管轄，但是對理藩院的大臣，他仍要表示尊重。
在黃立極、孔貞運提出意見后，朱由檢召見兩人，讓他們闡述理由。
很少在朝堂上發出聲音的黃立極，這次鼓起膽子道：
“陛下，當今之患在建虜，而非在于日本。”
“幕府渺視大明，遣使斥責也就是了，何必耗費兵力？”
“若是安東和韓王藩國、江陵公國、寧遠伯國以及朝鮮的船兵全部用于日本，十面張網之策，又由誰來實施？”
“臣以為當暫且放置此癬疥之疾，專心對付建虜。”
孔貞運同樣說道：
“日本縱然有錯，朝廷也需要先禮后兵。”
“太祖定日本為不征之國，不可輕易興兵。”
兩人態度如此一致，也難怪壯著膽子反對此事。
朱由檢因為前世的影響、還有鄭氏告狀帶來的怒氣，此時也有些壓下去了，開始思索此時征伐日本是不是值得。
雖然他有心把這個國度征服，以免遺禍后世。但是此時大明最大的敵人是建虜，這點一定要分清。
在黃立極和孔貞運闡述理由后，他已經傾向于采納兩人意見。
但是收回前旨有損顏面，不懲治一下日本他也不甘心。所以他詢問道：
“江戶幕府和平戶藩藐視朝廷，竟敢扣押朝廷冊封的誥命夫人。”
“如果不加處置，其他國家學去了怎么辦？”
“難道讓大明的官員，在外要擔心自身安危？”
黃立極和孔貞運聞言，同樣覺得棘手。
誥命夫人再怎么說，都有著朝廷冊封的品級，她們雖不是朝廷的正式官員，卻也是朝廷制度的一份子。
對她們的保護不力，就是在侵犯所有官員的利益。黃立極、孔貞運兩人，在這點上也要拿出態度來。
思索之后，孔貞運道：
“臣在上月接見琉球來使，琉球國王尚豐，第四次請求冊封。”
“臣聽其言國中消息，頗受日本薩摩藩欺凌。”
“臣以為可遣使冊封琉球國王，幫助其驅逐薩摩藩。”
這件事讓朱由檢頗感興趣，詢問道：
“為何尚豐要四次請求冊封？”
“前三次朝廷為何不同意？”
孔貞運有些不好意思地說道：
“冊封藩國需要封舟，至少需要三年時間打造，耗資頗為巨大。”
“朝廷以前拿不出這筆開支，所以就把此事拖了下來。”
“現在下旨冊封，當能在三年后出行。”
這是一個策略，也是拖延時間的陽謀。
朱由檢頗不滿意，斥責道：
“就為了一個臉面，耗巨資建造封舟不說，還影響朝廷和琉球的交往。”
“以致薩摩藩侵犯琉球，讓琉球和大明的宗藩關系受動搖。”