將尸體掩埋是一種辦法，但中島將軍在日記中抱怨，很難找到可供掩埋七八千人尸體的巨大壕溝，把尸體火化也是一種辦法，但是日軍通常缺乏足夠的燃燒。
在幕府山屠殺之后，日軍在尸體堆上澆了好幾大桶汽油，但還沒等到尸體化為灰燼，汽油就用完了，結果只剩下一大堆被燒焦的尸體。
于是，有很多尸體都是拋入到了長江之中。
到后來，日軍找到了方法，便是讓俘虜們自己挖掩埋自己的坑。
日軍不光屠殺中國軍人，同樣還屠殺拼命。
夏遠率領三十余人的殘兵，撤退的較晚，行動比較隱蔽，所以遇到的都是日軍屠殺后的場景。
有學校，有商鋪，有醫院，尸體遍地都是。
且從城里的各個方向，又傳來零碎的槍聲，不知道是不是城中還有人抵抗，還是日本鬼子在射殺逃跑的金陵城普通民眾。
夏遠倒是能夠沉住氣，他帶著這些人，一邊搜尋落單的潰兵，一邊把傷員安排在老百姓的家中暫時休養。
但他心中也清楚，這樣的方式治標不治本，日本鬼子遲早會在整個金陵城展開血腥屠殺。
日軍內部，對于大屠殺的開始，始終是一個不解之謎。
有人說是朝香宮擅自下令，隨后銷毀文件。
也有人說，命令是松井石根聯合朝香宮下達的“此次我皇軍進攻金陵，支那軍頑強抵抗。為致謝皇恩御酒御煙，發揚威武懾服敵國首都金陵，殺掉全部俘虜。”
命令還說“觀察華北和滬上戰場，一般支那老百姓，縱令是老人、女人或者小孩，很多從事敵人的間諜，或告知以日軍的位置，或誘敵襲擊日軍，或害于日軍的單兵等等，故不能掉以輕心，需要特別注意。如發現這些行為，不得寬恕，應采取斷然措施殺掉。”
而基層的日軍軍官為了能讓士兵牢牢記住這一命令，把命令全文簡化為殺掉全部俘虜，殺掉全部老百姓。
12月13日。
對金陵人來說，是個災難性日子，慘絕人寰的血腥大屠殺，隨著國軍放棄駐守金陵，開始了
這天，中國軍隊抵抗的槍聲稀疏，數以萬計的日軍帶著復仇的心理，帶著爆炸的獸欲，等候在中華門、漢中門、水西門、通濟門、中山門，如餓狼獵食，瘋狂地向城內沖去，他們已經喪失了人性，如同殘暴的野獸。
看到房屋就燒，見到手無寸鐵的百姓就殺，見到女人就奸，甚至從刺刀劃破肚子，看著她在痛苦，絕望之中死去。
日本的變態深入骨子里，他們甚至強迫老父親和自己的女兒，就連小女孩、八十幾歲的老人也不放過。
他們甚至把男人的頭顱砍下來，在嘴巴里塞上一根香煙，一字擺在空地上，以此取樂。
日軍松田大隊的向井中隊和野田中隊，剛從水西門殺進城內。他們瞪著血紅的眼睛，揮舞大刀，尋找目標。
跑了一會兒，沒有看到一個人，向井中隊長發起牢騷，對野田說“松井司令官命令我們殺光支那兵，殺光金陵人，怎么街上一個人都沒有呢支那官兵都躲在哪里”
野田露出一臉殺氣，安慰他說“別急，該殺的一個都跑不掉。，”
向井一想金陵城這么大，不會沒有人的，因此他獸性大發，想起了一個可以讓他發泄獸性的點子，向野田建議說“野田君，你敢不敢和我比賽。”
“比什么”野田一時間不明白他的用意，甚至好笑著打趣說“是比吃飯，還是比睡覺，或者比跑步”
“你這個笨蛋，殺進金陵城，你說比什么，當然是比殺人了”
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